关于拒不支付农民工工资的立案标准，主要参照《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》的相关规定。一般来说，如果行为人未支付单个农民工工资超过三个月且金额在5000至2万元范围内，或者未支付10名以上农民工工资且总额在3至10万元之间，即符合刑事立案标准。这种情况如不及时处理，可能会导致农民工的合法权益受到侵害，甚至影响到社会公平正义。
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针对拒不支付农民工工资的问题，可采取多种方式处理，包括民事协商、劳动争议仲裁以及刑事报案等。具体选择哪种方式应根据实际情况来定。比如，如果双方愿意沟通且争议不是特别复杂，可以尝试民事协商；如果协商无果，可以考虑通过劳动争议仲裁来解决；如果涉及金额较大或者行为人明显恶意逃避支付，建议及时向公安机关刑事报案。
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处理拒绝支付农民工工资的问题时，应根据具体情况灵活选择处理方式。在民事协商阶段，可以尝试与行为人沟通以寻求解决方案；如果协商无果，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果行为人涉嫌犯罪，如涉及金额巨大或有恶意逃避支付行为，应尽快向公安机关报案。同时，劳动者要注意收集和保存相关证据，如劳动合同、工资条等，以便为自身权益提供有力证明。